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生物序列

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9 工具v1.0.0
概览

关于

生物序列智能平台，涵盖生物序列分析、蛋白质与核苷酸搜索、翻译后修饰分析、抗体-抗原相互作用发现以及多组学生物实体检索。

功能

ls_sequence_search_submit

即将弃用，推荐使用 ls_sequence_search 替代。提交后获取job_id，再通过ls_sequence_search_check_status轮询状态，成功后调用ls_sequence_search_get_results获取结果。

参数
qcov_hsp_percobject

object, optional query coverage filter, format {"start": int, "end": int}

perc_identityobject

object, optional identity filter, format {"start": int, "end": int}

scov_hsp_percobject

object, optional subject coverage filter, format {"start": int, "end": int}

evaluenumber

float, expect threshold

query_type* 必填string

str, target sequence type, supports "NUCLEOTIDE" and "PROTEIN"

sequence* 必填string

str, single query sequence string

sequence_type* 必填string

str, query sequence type, supports "NUCLEOTIDE" and "PROTEIN"

databasearray

List[str], target database list, supports "ALLPATENT" and "CLAIMS"

strandarray

List[str], optional alignment direction filter for nucleotide searches only. Supports "PLUS" and "MINUS"; may be omitted or multi-selected.

subject_lengthobject

object, optional subject length filter, format {"start": int, "end": int}

q_perc_identityobject

object, optional query identity filter, format {"start": int, "end": int}

with_gapsboolean

bool, whether sequence alignment includes gaps

s_perc_identityobject

object, optional subject identity filter, format {"start": int, "end": int}

limitinteger

int, maximum returned result count for the backend task

has_modificationarray

List[bool], optional filter for whether the sequence has chemical modification information. Supports true and false; may be omitted or multi-selected.

ls_sequence_search_get_results

即将弃用，推荐使用 ls_sequence_search 替代。在ls_sequence_search_check_status返回成功状态后使用此工具获取结果。

/api/ls/sequence/job/result

ls_sequence_search_check_status

即将弃用，推荐使用 ls_sequence_search 替代。在提交序列或修饰搜索任务后使用此工具轮询任务状态。

/api/ls/sequence/job/status

ls_sequence_search

统一序列与修饰条件检索入口，支持等待、续查和分页。search.search_type 默认为 SEQUENCE，须提供 sequence_type、query_type、sequence；MODIFICATION 模式须提供 sequence_type、database、modification_location，sequence 可选。search 与 job_id 必须且只能提供一个；续查或翻页仅传 job_id 和结果选项，无需重传检索模式。相似度和覆盖度过滤使用 0–100 百分数。通过原生 MCP tools/call 调用，支持 progressToken；无独立 REST 路由。

/api/ls/search

ls_sequence_fetch

当用户提供序列号列表时使用。单次最多 100 个序列号。

/api/ls/sequence/fetch

ls_sequence_alignment

对生物序列进行比对。当用户需要进行成对比对（PSA）或多序列比对（MSA）时使用。成对比对需要提供 `query_sequence`。

/api/ls/sequence/alignment

ls_patent_sequence_fetch

当用户提供专利 `patent_id` 或专利号 `pn` 时使用，可通过 `sequence_number` 筛选指定序列，并支持分页查询。 filter_claimed=true 时仅返回 claimed=true 的序列；false 或不传时不按 claimed 状态过滤。

/api/ls/patent/sequence/fetch

ls_modification_search_submit

即将弃用，推荐使用 ls_sequence_search 替代。通过修饰条件搜索生物序列记录，可选择性地通过序列长度或查询序列缩小结果范围。

/api/ls/modification/job

ls_antibody_antigen_search

当用户需要查找与特定抗原靶点相关的抗体，并可选择通过facet过滤器缩小结果范围时使用。

/api/ls/antibody-antigen/search

什么是 生物序列 MCP Server？

生物序列智能平台，涵盖生物序列分析、蛋白质与核苷酸搜索、翻译后修饰分析、抗体-抗原相互作用发现以及多组学生物实体检索。

能力列表

  • 即将弃用，推荐使用 ls_sequence_search 替代。提交后获取job_id，再通过ls_sequence_search_check_status轮询状态，成功后调用ls_sequence_search_get_results获取结果。
  • 即将弃用，推荐使用 ls_sequence_search 替代。在ls_sequence_search_check_status返回成功状态后使用此工具获取结果。
  • 即将弃用，推荐使用 ls_sequence_search 替代。在提交序列或修饰搜索任务后使用此工具轮询任务状态。
  • 统一序列与修饰条件检索入口，支持等待、续查和分页。search.search_type 默认为 SEQUENCE，须提供 sequence_type、query_type、sequence；MODIFICATION 模式须提供 sequence_type、database、modification_location，sequence 可选。search 与 job_id 必须且只能提供一个；续查或翻页仅传 job_id 和结果选项，无需重传检索模式。相似度和覆盖度过滤使用 0–100 百分数。通过原生 MCP tools/call 调用，支持 progressToken；无独立 REST 路由。
  • 当用户提供序列号列表时使用。单次最多 100 个序列号。
  • 对生物序列进行比对。当用户需要进行成对比对（PSA）或多序列比对（MSA）时使用。成对比对需要提供 `query_sequence`。
  • 当用户提供专利 `patent_id` 或专利号 `pn` 时使用，可通过 `sequence_number` 筛选指定序列，并支持分页查询。 filter_claimed=true 时仅返回 claimed=true 的序列；false 或不传时不按 claimed 状态过滤。
  • 即将弃用，推荐使用 ls_sequence_search 替代。通过修饰条件搜索生物序列记录，可选择性地通过序列长度或查询序列缩小结果范围。
  • 当用户需要查找与特定抗原靶点相关的抗体，并可选择通过facet过滤器缩小结果范围时使用。

如何连接

获取智慧芽开放平台 API Key，在本页 Connect 面板复制 MCP 连接 URL，并添加到 Cursor、Claude Desktop 或其他兼容 Model Context Protocol 的 AI 代理客户端。

MCP 配置示例

{
  "mcpServers": {
    "_": {
      "url": "https://connect.zhihuiya.com/06e741/logic-mcp?apikey={your_api_key}"
    }
  }
}

使用场景

  • 使用 生物序列 MCP Server，让 AI 代理在对话中直接调用智慧芽创新情报能力。

常见问题

什么是 生物序列 MCP Server？
生物序列 MCP Server 是智慧芽开放平台上的 Model Context Protocol 服务，为 AI 代理和 LLM 客户端提供创新情报工具。
生物序列 MCP Server 如何与 AI 代理配合？
兼容 MCP 的客户端使用智慧芽开放平台 API Key 连接服务 URL，发现可用工具，并在对话中调用智慧芽数据与能力。
生物序列 MCP Server 可以执行哪些任务？
生物序列 MCP Server 通过 Model Context Protocol 暴露智慧芽工具，使 AI 代理可在多步推理中检索专利、文献与创新情报。
如何将这个 MCP 服务连接到代理？
获取智慧芽开放平台 API Key，在本页复制 MCP 连接 URL 或 JSON 配置，并按照 MCP 快速入门指南添加到兼容 MCP 的客户端。